W wyniku ostatnich prac restauracyjnych przywrócono pierwotny wystrój sal, pojedynczych cel szpitalników oraz samego szpitala.
Wnętrze Kościół górny mały|240px|Wnętrze kościoła górnego Monumentalny, trzynawowy kościół górny, z okrągłymi w przekroju kamiennymi kolumnami i pseudotranseptem został zbudowany z prostopadłościennych ciosów kamiennych. Odzwierciedla surowość sztuki dekoracyjnej magistri antelami. Nawa główna została przekryta sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Wystrój malarski tworzą między innymi: obraz ołtarzowy Madonna na tronie między św. Janem Chrzcicielem i innym świętym, pędzla Bernarda Castella (1599), Św. Jan Chrzciciel nauczający swoich adeptów Lazzara Tavarone (1614) i Św. Hugo Lorenza De Ferrari.
Kościół dolny mały|left|200px|Pier Francesco Sacchi, Doktorzy Kościoła, 1515, obecnie Luwr mały|240px|Wnętrze kościoła dolnego Kościół dolny zajmuje przestrzeń odpowiadającą jedynie szerokości nawy głównej kościoła górnego. Jest również trzynawowy. Nawy oddzielone są od siebie kolumnami z półkulisto-sześciennymi kapitelami, wspierającymi sklepienie krzyżowe oraz poprzeczne łuki. Nawa główna zamknięta jest głęboką apsydą, flankowaną apsydami bocznymi. Romańskie mury ścian i apsydy, rozczłonkowane półkolumnami, pochodzą prawdopodobnie z okresu przebudowy, jaka miała miejsce pod koniec XIV wieku.