Ściana kościoła górnego została przepruta rzędem sześciu biforiów, natomiast kościół dolny oddzielony jest od placu boczną galerią. Budynek przykrywa dwuspadowy dach.
Komandoria i szpital Budynek mieszczący komandorię i szpital był przeznaczony dla rycerzy, pielgrzymów i kupców zmierzających do Ziemi Świętej w okresie III wyprawy krzyżowej. Podzielony jest na trzy kondygnacje: na parterze znajduje się jedno duże pomieszczenie z wysokimi kamiennymi kolumnami, zaprojektowane dla umieszczenia w nim łóżek. Ustawione one były pod ścianami, gdzie nadal widoczne są niektóre półki, na których pielgrzymi trzymali swoje rzeczy. Inne półki, wyposażone w otwór do odprowadzania wody, były używane jako umywalki. Sala na pierwszym piętrze, mająca drewniany sufit, połączona jest z górnym kościołem. Drugie piętro, prawdopodobnie przeznaczone dla Szpitalników, nadal ma niektóre sale udekorowane freskami. Budynek komandorii otwiera się na plac San Giovanni trzema rzędami loggii. Dzisiejszy jego wygląd jest efektem renesansowej przebudowy, zrealizowanej, jak wynika z inskrypcji, w 1508 roku. Rozwiązanie to jest uważane za najwcześniejszy przykład architektury renesansowej w Genui, poprzedzający podobną realizację w Villa del Principe Andrei Dorii z lat 1530–1545 (loggia autorstwa Perina del Vaga i galerie Giovanniego Angela di Montorsoli).