Z lewej strony apsydy znajduje się XIV-wieczne arcosolium zbudowane z dwubarwnych ciosów. W niszy, wydrążonej w fundamentach dzwonnicy znajduje się epitafium jej fundatora wraz ze stosowną inskrypcją. W połowie XVI wieku kościół został podzielony i przekształcony w sale modlitewne; w partii centralnej zachowało się kilka kaplic, w tym kaplica św. Hugona z Genui i kaplica Podwyższenia Krzyża Świętego; ta ostatnia została udekorowana późnomanierystycznymi freskami iluzjonistycznymi. Podczas renowacji z 1996 roku odkryto średniowieczne freski, znajdujące się w przęśle centralnym narteksu, na sklepieniu kaplicy w prawej apsydzie i pod łukiem wejściowym do południowej części apsydy. Cykl obrazów w narteksie, przypuszczalnie pochodzenia bizantyńskiego, przedstawia motyw Agnus Dei oraz postacie ze Starego Testamentu. W podłuczu apsydy odsłonięto kilkanaście medalionów ze scenami Sądu Ostatecznego, natomiast na sklepieniu kaplicy w prawej apsydzie – sceny przedstawiające męczeństwo św. Małgorzaty. Z bogatego wystroju malarskiego, całkowicie rozproszonego w późniejszych czasach, wyróżniał się obraz ołtarzowy Doktorzy Kościoła, pędzla Piera Francesca Sacchiego z 1515 roku, przechowywany obecnie w Luwrze.