Z okazji Wielkiego Jubileuszu Roku 2000 przywrócony został do dawnej świetności kościół dolny.
Dedykacja kościoła W momencie inauguracji otrzymał przypuszczalnie wezwanie św. Jana Chrzciciela, patrona Szpitalników. W latach 1597–1617 kościół górny nosił wezwanie Santa Maria (Najświętszej Maryi Panny), natomiast dolny – San Giovanni Evangelista (św. Jana Ewangelisty), które to wezwanie pojawiło się po raz pierwszy. Od 1697 roku wezwanie San Giovanni Evangelista przeszło na kościół górny, podczas gdy dolny otrzymał dedykację Sant'Ugo da Genova (św. Hugona z Genui). W pierwszej połowie XIX wieku została ona przyjęta także przez kościół górny i dołączona do jego dotychczasowego wezwania; tę podwójną dedykację potwierdził arcybiskup Salvatore Magnasco 8 czerwca 1873 roku, przy okazji konsekracji kościoła.
Architektura Kościół Romański kompleks San Giovanni przylega bokiem do placu o tej samej nazwie. Oba kościoły, górny i dolny, są pozbawione fasady i połączone bezpośrednio z budynkiem komandorii. Kościół górny był wykorzystywany do XVIII wieku przez szpitalników, którzy wchodzili do niego bezpośrednio z komandorii przez loggię na pierwszym piętrze. Ściana kościoła została oblicowana szarym kamieniem, wydobywanym w okolicach latarni morskiej.