XIX wiek 11 sierpnia 1834 roku część dolnego kościoła została przyznana w formie wieczystej dzierżawy Kongregacji Robotników Ewangelickich zwanych Franzoniani. W 1870 roku w celu przywrócenia romańskiego charakteru kościoła górnego całkowicie usunięto z jego wnętrza XVIII-wieczne dekoracje. W 1896 roku budynek został wpisany na listę zabytków narodowych.
XX wiek W 1914 roku ukończono restaurację kampanili. W efekcie przeprowadzonych w latach 1930–1936 prac restauracyjnych (w trakcie których między innymi oczyszczono kolumny) przywrócono w dużej mierze pierwotny wygląd świątyni. W sierpniu 1944 roku podczas bombardowania poważnie uszkodzone zostały dachy kościoła. W 1955 roku dokonano kolejnej renowacji kampanili, a w 1956 – frontu apsydy. W 1958 roku przeprowadzono następną renowację kampanili oraz obrazów i organów. W trakcie prac restauracyjnych z lat 60., przeprowadzonych pod nadzorem urzędu konserwatorskiego Ligurii, usunięto z kompleksu elementy dobudowane do niego w ciągu kolejnych stuleci oraz wydobyto na światło dzienne elementy romańskie i freski. Efektem kolejnej restauracji, przeprowadzonej w 1992 roku z okazji obchodów 500-lecia odkrycia Ameryki była adaptacja części pomieszczeń komandorii na cele wystawowe.