W średniowieczu kościół górny służył, być może wyłącznie, rycerzom zakonnym, którzy wchodzili do niego bezpośrednio z komandorii przez loggię na pierwszym piętrze, podczas gdy kościół dolny przeznaczony był dla pielgrzymów i mieszkańców parafii. Dla pielgrzymów przeznaczony był również szpital. W drugiej połowie XIV wieku kościół i komandoria gościły dwóch papieży: Urbana V (13–20 maja 1367) i Urbana VI (23 września 1385–16 grudnia 1386).
Okres renesansu W 1508 roku przebudowano fasadę komandorii w stylu renesansowym. W tym stanie zachowała się ona do dziś.
XVIII wiek W latach 1721–1731 dokonano po raz pierwszy radykalnej przebudowy nienaruszonego dotychczas romańskiego wnętrza górnego kościoła: Gerolamo Basadonne zrealizował sklepienie obok wejścia oraz pokrył kościół dachem; w 1731 roku przebito nowe wejście w apsydzie, przeznaczone dla parafian, którym wówczas udostępniono kościół górny. W 1746 roku w wyniku działań wojennych zniszczony został hełm kampanili. W sierpniu 1798 roku cały kompleks San Giovanni, z wyjątkiem kościoła górnego, stał się własnością Republiki Liguryjskiej.