Zmiana ta napotkała wewnątrz zakonu na opór – ówczesny przełożony generalny, Mikołaj z Francji (Niccolò Gallico), około 1270 roku napisał płomienny traktat znany jako Ignea sagitta (Ognista strzała), w którym ostro krytykował porzucenie surowego ideału pustelniczego na rzecz aktywnego apostolatu w miastach.
Mimo tych sprzeciwów karmelici powracający z Bliskiego Wschodu prężnie zakładali klasztory na Cyprze, Sycylii, w Italii, Anglii (np. w Aylesford w 1242) i we Francji. Według tradycji, zaniepokojony widmem delegalizacji i wewnętrznymi sporami przełożony generalny, Szymon Stock, modlił się do Matki Bożej o ratunek. W 1251 r. ukazała mu się Maryja z obietnicą zbawienia dla noszących szkaplerz karmelitański.
W 1247 r. papież Innocenty IV oficjalnie dostosował Regułę św. Alberta do potrzeb życia miejskiego. Zaakcentowano wymiar wspólnotowy: zakonnicy zaczęli jeść wspólne posiłki w refektarzu, a także zajęli się głoszeniem kazań i spowiadaniem wiernych. W 1287 r. zmieniono pasiaste, biało-brązowe płaszcze na całkowicie białe. Ostatecznie w 1326 r. papież Jan XXII w pełni zasymilował ich pod względem prawnym z innymi zakonami żebrzącymi.