Okazją do szerszego zastosowania bojowego Hornetów była operacja Pustynna Burza w Iraku w 1991 r., poprzedzona od 1990 r. operacją gromadzenia sił i ochrony Arabii Saudyjskiej przed ewentualną inwazją iracką (operacja Desert Shield). Jako pierwsze w rejon Zatoki Perskiej trafiły lotniskowce USS „Independence” (CV 62) ze skrzydłem CVW-14 oraz USS „Dwight D. Eisenhower” (CVN 69) ze skrzydłem CVW-7 – jednak wycofane zostały one z regionu przed rozpoczęciem działań zbrojnych nad obszarem Kuwejtu i Iraku.
W samej Pustynnej Burzy wzięły natomiast udział lotniskowce: USS „Midway” (CV-41) – skrzydło CVW-5 (w tym trzy eskadry F/A-18A: VFA-151, VFA-192, VFA-195; lotniskowiec starszego typu, działający bez myśliwców F-14) USS „Saratoga” (CV-60) – ze skrzydłem CVW-17 (eskadry F/A-18C: VFA-81 i VFA-83) USS „Ranger” (CV-61) – skrzydło CVW-2 (bez eskadr F/A-18, jedynie F-14A i A-6E) USS „America” (CV-66) – skrzydło CVW-1 (eskadry F/A-18C: VFA-82 i VFA-86) USS „John F. Kennedy” (CV-67) – skrzydło CVW-3 (bez eskadr F/A-18, za to przenosił dwie ostatnie we Flocie eskadry samolotów A-7E: VA-46 i VA-72) USS „Theodore Roosevelt” (CVN-71) – ze skrzydłem CVW-8 (eskadry F/A-18A: VFA-15 i VFA-87)