Zastosowanie bojowe Samoloty F/A-18 zostały po raz pierwszy zastosowane bojowo w 1986 r. podczas nalotu lotniczego na Libię (operacja El Dorado Canyon), z pokładu lotniskowca USS „Coral Sea” (CV 43). Na lotniskowcu stacjonowały wówczas, w ramach skrzydła CVW-13, cztery eskadry F/A-18A: VFA-131, VFA-132, VMFA-314 i VMFA-323. Atak wykonany został wraz z samolotami z lotniskowca USS „America” (CV 66) oraz równolegle z uderzeniem samolotów F-111 z baz US Air Force w Wielkiej Brytanii.
Hornety zostały użyte głównie do zadań typu SEAD (Suppression of Enemy Air Defence), zwalczając libijskie systemy przeciwlotnicze za pomocą pocisków AGM-88 HARM oraz bomb kasetowych, a także do patrolowania w powietrzu („Coral Sea” nie był przystosowany do bazowania F-14), jeszcze w okresie przed atakiem przechwytując i eskortując wiele samolotów libijskich lub radzieckich próbujących obserwować działania okrętów VI Floty US Navy. Nie doszło jednak do wymiany ognia, a i podczas samego nalotu żaden F/A-18 nie został zestrzelony.