Niewiele później na kapitule 27 grudnia 1663 roku Mañara został wybrany bratem większym. Na trzeciej kapitule, której przewodniczył jako brat większy, 17 lutego 1664, powrócił do pomysłu utworzenia schroniska dla ubogich. Pomysł zdobył akceptację zgromadzonych i Mañara przystąpił do budowy przytułku i kościoła w jego sąsiedztwie.
Schronisko dla ubogich mały|Szpital Świętego Miłosierdzia. Patio Początki schroniska były skromne. Mañara wynajął pomieszczenie starej stoczni królewskiej, w której umieścił palenisko dla ogrzania chroniących się tu ubogich. Schronisko działało początkowo od 14 września do 23 kwietnia. Od początku dawało ochronę znacznej liczbie potrzebujących.
Zdając sobie sprawę, że praca na rzecz Bractwa wymaga poświęcenia całego czasu, jakim dysponuje, Mañara złożył rezygnację z zajmowanych stanowisk publicznych, między innym w 1666 roku zrezygnował ze stanowiska burmistrza. Chcąc pokryć koszty związane z funkcjonowaniem schroniska wniósł do Bractwa swój majątek.