W latach sześćdziesiątych XVII wieku i później zapoczątkowano budowanie w stylu barokowym wielu kościołów, charakteryzujących się wielkimi kopułami oraz dzwonnicami, które dominowały na tle nieba ponad wieloma miastami i wioskami. Jednym z najbardziej znanych i wpływowych architektów maltańskiego baroku był Lorenzo Gafà, który w latach 1660–1690 zaprojektował wiele kościołów. Jego arcydziełem jest katedra św. Pawła w Mdinie, przebudowana w latach 1696–1705 po tym, jak oryginalna średniowieczna świątynia została mocno uszkodzona podczas trzęsienia ziemi w roku 1693. Inne znakomite kościoły zaprojektowane przez tego architekta to Kolegiata św. Wawrzyńca w Birgu (1681–97) oraz katedra Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Victorii na Gozo (1697–1711).
W międzyczasie wiele istniejących już kościołów zostało przedekorowanych w stylu barokowym. Wnętrze katedry św. Jana w Valletcie, tytularnego kościoła Zakonu Joannitów, w latach 60. XVII w. zostało mocno upiększone przez kalabryjskiego artystę Mattia Pretiego, jakkolwiek manierystyczna część zewnętrzna została zachowana.
XVIII wiek thumb|Fort Manoel, barokowa forteca zbudowana w latach 1723–1733