Ozdobne elementy akweduktu, mianowicie Łuk Wignacourta, trzy wieże wodne oraz kilka fontann, są prawdopodobnie najwcześniejszymi elementami architektonicznymi w stylu barokowym na Malcie.
thumb|Hostel de Verdelin, przykład hiszpańskiej architektury barokowej z połowy XVII wieku na Malcie
Jednakże, według Leonarda Mahoneya, to Francesco Buonamici wprowadził architekturę barokową na Maltę. W każdym razie Buonamici jest oficjalnie uznany za popularyzatora baroku po zaprojektowaniu kościoła Jezuitów w Valletcie w roku 1635. W następnych dziesięcioleciach Zakon Joannitów rozpoczął budowanie wielu nowych barokowych budowli, w niektórych już istniejących zmieniony został wystrój lub przebudowano fasady. Przykładami wczesnego baroku maltańskiego są budynki Zajazdu Prowansalskiego (odnowiony 1638) oraz Hostelu de Verdelin (ok. 1650). Najbardziej barokowe budynki na Malcie odznaczają się wpływami włoskiej i francuskiej architektury barokowej, lecz kilka ma typowe cechy baroku hiszpańskiego.
thumb|left|Katedra św. Pawła w Mdinie, zaprojektowana przez Lorenzo Gafà i przebudowana w latach 1696–1705