Głównym argumentem obrony w kwestii zdymisjonowania sekretarza wojny był fakt, że Stanton był powołany jeszcze w gabinecie Lincolna, więc Tenure of Office Act nie miało tu zastosowania. Oskarżyciele odmawiali przyjęcia dowodów obrony, a Senat nie zgadzał się na przesłuchanie członków gabinetu. Dopuszczono jednak świadków obrony: Johna Shermana i Lorenza Thomasa.
Do wyroku skazującego niezbędne było poparcie 36 spośród 54 senatorów, czyli większości 2/3 głosów. Radykałowie byli pewni poparcia 30 senatorów, natomiast zwolennicy prezydenta mieli po swojej stronie 12 głosów. Pozostałe 12 osób było niezdecydowane. Krótko przed końcowym głosowaniem pięciu spośród niezdecydowanych postanowiło poprzeć akt oskarżenia, więc do skazania brakowało jednego głosu. 7 maja przewodniczący Chase ogłosił czterodniową przerwę w obradach, w czasie której radykalni republikanie prowadzili w prasie propagandę na rzecz skazania Johnsona. 11 maja, gdy trybunał zebrał się ponownie, czterech kolejnych senatorów postanowiło stanąć po stronie prezydenta. Wobec takiego obrotu sprawy następnego dnia radykałowie wymusili przesunięcie głosowania na 16 maja. W tym czasie dwóch kolejnych niezdecydowanych postanowiło głosować za uniewinnieniem. W efekcie jedynym senatorem, który nie określił swojego stanowiska, był radykalny republikanin Edmund G. Ross z Kansas.