Jednakże w styczniu 1868 generał zrezygnował ze stanowiska i powrócił do wojska, a Johnson 21 lutego powołał generała Lorenza Thomasa na wakujące po Grancie stanowisko. Zdymisjonowany Stanton postawił za to Thomasa przed sądem za bezprawne zajęcie urzędu, natomiast radykałowie złożyli w Kongresie wniosek o złożenie prezydenta z urzędu, jako uzasadnienie podając zdradę stanu.
W przypadku złożenia wniosku o impeachment Izba Reprezentantów debatuje i głosuje nad jego zasadnością, a gdy uzna pozwanego winnym, kieruje sprawę do Senatu, który przeprowadza właściwy proces sądowy. Izba niższa sformułowała łącznie jedenaście zarzutów, spośród których dziewięć odnosiło się do Ustawy o długości kadencji, dziesiąty mówił o naruszeniu Ustawy o zwierzchnictwie nad armią, a ostatni zawierał zarzut o formułowanie „nierozsądnych, skandalicznych i jątrzących przemówień”. 24 lutego 1868, po dwudniowej debacie, Izba Reprezentantów stosunkiem głosów 126:47 uznała prezydenta winnym i skierowała sprawę do Senatu. 5 marca sprawa trafiła do Senatu, gdzie trybunałowi sądzącemu prezydenta przewodniczył prezes Sądu Najwyższego Salmon Chase. Prezydent chciał uczestniczyć w rozprawie, ale jego doradcy skutecznie odradzili mu to rozwiązanie, więc oskarżonego reprezentowali obrońcy, a wśród nich sędzia Sądu Najwyższego Benjamin Curtis.