2 marca tegoż roku Kongres uchwalił dwie ustawy, ograniczające rolę prezydenta: „Ustawę o długości kadencji” (Tenure of Office Act), zabraniającą zwolnienia członka gabinetu bez zgody Senatu, oraz „Ustawę o zwierzchnictwie nad armią” (Command of Army Act), przekazującą władzę nad siłami zbrojnymi naczelnemu dowódcy armii i zapewniającą jego nieusuwalność z urzędu bez zgody Senatu. Aby nie dopuścić do unieważnienia reform przez Sąd Najwyższy, 27 marca Kongres uchwalił prawo pozbawiające go jurysdykcji w sprawach o naruszenie habeas corpus. Prezydent zawetował ustawy z 2 marca, lecz oba weta zostały odrzucone przez Kongres.
Impeachment mały|Proces impeachmentu w Senacie Zirytowany napiętymi relacjami z reprezentantami władzy ustawodawczej, 5 sierpnia 1867 Johnson zwrócił się z prośbą do sekretarza wojny Edwina Stantona o złożenie dymisji, podejrzewając go słusznie o sympatyzowanie z radykałami. Wobec odmowy Stantona prezydent zwolnił go ze stanowiska (wbrew Tenure of Office Act) i powołał na jego miejsce generała Ulyssesa Granta. Stanton jeszcze przez jakiś czas utrzymywał się na stanowisku, gdyż zabarykadował się w budynku Departamentu Wojny, lecz ostatecznie Grant przejął nowe obowiązki.