W r. 1819, podczas pobytu w Warszawie, poznał Waleriana Łukasińskiego, który wprowadził go do Wolnomularstwa Narodowego i polecił rozwijać struktury organizacji w Wielkim Księstwie Poznańskim. W roku 1820 Sczaniecki wprowadził na posiedzenie loży poznańskiej Ignacego Prądzyńskiego. Wkrótce, z inicjatywy Prądzyńskiego, organizacja poznańska zmieniła nazwę na Związek Kosynierów; zmieniła także charakter działalności na półjawny. Ponadto pojawiły się wewnątrz związku rozbieżności co do oczekiwanego kierunku reform w przyszłej Polsce. Rozłam ten doprowadził w rezultacie do wystąpienia Sczanieckiego z organizacji. Pogłoski o zgonie Sczanieckiego spowodowały, że nie był poszukiwany po rozbiciu Towarzystwa Patriotycznego (organizacji kontynuującej dzieło rozwiązanego Wolnomularstwa Narodowego). Nie mógł jednak przez kilka lat pojawiać się w majątku żony Konstancji w Królestwie Polskim.