Powstał on w celu ochrony fauny, flory i krajobrazu Beskidu Niskiego.
Obszary chronionego krajobrazu Wisłoka przepływa przez Południowomałopolski Obszar Chronionego Krajobrazu, Obszar Chronionego Krajobrazu Beskidu Niskiego, Obszar Chronionego Krajobrazu Pogórza Strzyżowskiego, Obszar Chronionego Krajobrazu Pogórza Ciężkowickiego, Jarząbsko-Żdżarski Obszar Chronionego Krajobrazu i Przecławski Obszar Chronionego Krajobrazu. Obszary chronionego krajobrazu obejmują tereny cenne ze względu na wartości przyrodnicze, historyczne i kulturowe oraz wyróżniające się walorami krajobrazowymi, dające możliwość zaspokajania potrzeb związanych z turystyką i wypoczynkiem lub pełniące funkcję korytarzy ekologicznych ze zmianami..
Obszary Natura 2000 Wisłoka wraz z dopływami tworzy trzy specjalne obszary ochrony siedlisk: przy źródłach – Źródliska Wisłoki o powierzchni 181,84 ha, w odcinku górnym (od północnej granicy Ostoi Magurskiej do mostu na drodze krajowej nr 73 w Jaworzu Górnym) – Wisłoka z dopływami o powierzchni 2651,03 ha, a w odcinku dolnym (od Podleszan do ujścia Wielopolki oraz od Dębicy do ujścia Chotowskiego Potoku) – Dolna Wisłoka z dopływami o powierzchni 453,69 ha.