Rzeka przepływa także przez obszar specjalnej ochrony ptaków Beskid Niski oraz specjalny obszar ochrony siedlisk Ostoja Magurska.
Administracja Nadzór wodny Cała rzeka podlega zarządowi zlewni w Jaśle i regionalnemu zarządowi gospodarki wodnej w Rzeszowie. Dolny odcinek rzeki znajduje się pod opieką nadzoru wodnego w Mielcu, środkowy odcinek – nadzoru wodnego w Dębicy, a górny odcinek – nadzoru wodnego w Jaśle. Wisłoka na Mapie Podziału Hydrograficznego Polski ma identyfikator 218.
Jednolite części wód W planie gospodarowania wodami na obszarze dorzecza Wisły Wisłokę podzielono na osiem jednolitych części wód powierzchniowych.
{| class="wikitable" |+ !colspan="6"| Jednolite części wód powierzchniowych w pgw na lata 2011–2016 i 2016–2021 |- !Nazwa jcwp !Kod jcwp !Typ !Status !Stan |- |Wisłoka od pot. Kiełkowskiego do ujścia |PLRW20001921899 |19 (rzeka nizinna piaszczysto-gliniasta) |silnie zmieniona |dobry |- |Wisłoka od Rzeki do Pot. Kiełkowskiego |PLRW20001921895 |19 (rzeka nizinna piaszczysto-gliniasta) |silnie zmieniona |zły |- |Wisłoka od pot. Chotowskiego do Rzeki |PLRW200019218771 |19 (rzeka nizinna piaszczysto-gliniasta) |silnie zmieniona |zły |- |Wisłoka od Ropy do Pot.