trutta), koza pospolita (Cobitis taenia), lipień pospolity (Thymallus thymallus), głowacz białopłetwy (Cottus gobio), głowacz pręgopłetwy (Cottus poecilopus), śliz pospolity (Barbatula barbatula), minóg strumieniowy (Lampetra planeri), boleń pospolity (Leuciscus aspius), certa (Vimba vimba), jaź (Leuciscus idus), karaś srebrzysty (Carassius gibelio), krąp (Blicca bjoerkna), leszcz (Abramis brama), różanka pospolita (Rhodeus sericeus), wzdręga (Scardinius erythrophthalmus), jazgarz (Gymnocephalus cernua), sandacz pospolity (Sander lucioperca), piskorz (Misgurnus fossilis), szczupak pospolity (Esox lucius), węgorz europejski (Anguilla anguilla), miętus pospolity (Lota lota).
Wisłoka i jej dopływy stanowiły siedlisko oraz miejsce tarła ryb dwuśrodowiskowych, jednak budowa stopni i regulacje koryta doprowadziły do zaniku siedlisk i wyginięcia jesiotra, łososia, troci i certy w dorzeczu górnej Wisłoki. W wyniku badań stwierdzono, że w oddzielonych progami odcinkach rzeki występuje duże zróżnicowanie gatunkowe.
Obszary chronione Parki narodowe Rzeka biegnie terenem zajmowanym przez Magurski Park Narodowy.