Niestandardowe mikroskopy STED o rozdzielczości bocznej mniejszej niż 50 nm pozwoliły stwierdzić, że białka mitochondrialne Tom20, VDAC1 i COX2 tworzą klastery nanoskalowe.
Metody korelacyjne Mikroskopię STED często stosuje się w korelacji z innymi metodami wysokorozdzielczymi. Rozdzielczość zarówno mikroskopii elektronowej, jak i sił atomowych jest nawet wyższa niż dla STED, jednakże połączenie mikroskopii sił atomowych i STED pozwoliło na wizualizację cytoszkieletu aktynowego komórek raka jajnika przy jednoczesnym badaniu zmian w sztywności komórki.
Wielobarwne STED Wielobarwna mikroskopia STED powstała w odpowiedzi na rosnący problem wykorzystania STED do badań zależności między strukturą i funkcjami białek. Aby móc badać tak złożone zależności, konieczne są przynajmniej dwa oddzielne fluorofory. Zastosowanie dwóch barwników fluorescencyjnych z dwiema parami wiązek laserowych pozwala np. na kolokalne obrazowanie klasterów białek mitochondrialnych i synaptycznych z rozdzielczością do 5 nm.