W celu optymalizacji efektywności STED interferencja w środku ogniska musi być jak najbardziej destruktywna. To z kolei narzuca pewne ograniczenia w elementach optycznych, które mogą zostać użyte do konstrukcji takiego mikroskopu.
Zastosowania W ciągu ostatnich kilku lat mikroskopia STED wyewoluowała ze skomplikowanej i wysoce specyficznej techniki w ogólną metodę fluorescencyjnej mikroskopii. W rezultacie pewne metody zostały opracowane w celu zwiększenia zakresu stosowalności STED do uzyskiwania większej ilości informacji.
Analiza strukturalna Od początku STED pozwalało na wykonywanie optycznego obrazowania z dokładnością dostępną wyłącznie dla mikroskopii elektronowej. Jako przykład może posłużyć fakt, że STED zostało wykorzystane do wykonania analizy strukturalnej protein na poziomie wewnątrzkomórkowym, czego dowodem jest obserwacja filamentów cytoszkieletu. Dodatkowo neurofilamenty, aktyna i tubulina są stosowane do porównywania mocy rozdzielczej mikroskopów STED i konfokalnego.
Studia nad strukturą złożonych organelli, jak np. mitochondria, czerpią korzyści ze STED.