Bayern Monachium 26 sierpnia 2006 został piłkarzem Bayernu Monachium, ponieważ nie mieścił się w pierwszej jedenastce zespołu z Camp Nou. Wartość transferu to 6 mln euro. W 2008, po zakończeniu kariery przez Olivera Kahna van Bommel został wybrany kapitanem drużyny. W sumie w Bundeslidze rozegrał 122 mecze i strzelił 10 bramek. W sezonie 2009/2010 zdobył ze swoim klubem Mistrzostwo Niemiec i dotarł z nią do finału Ligi Mistrzów gdzie ulegli Interowi Mediolan 0:2.
AC Milan 25 stycznia 2011 podpisał półroczny kontrakt z zespołem A.C. Milan. Pierwszy mecz w ekipie z Mediolanu van Bommel rozegrał 26 stycznia 2011 z Sampdorią, wygranym przez Milan 1:2, w ramach ćwierćfinałów Coppa Italia. W swoim debiucie w Serie A, 29 stycznia przeciwko Catanii Calcio, Mark van Bommel w 54' obejrzał drugą w tym meczu (pierwsza w 34') żółtą kartkę i w konsekwencji – czerwoną.
17 maja 2011 Holender przedłużył na okres jednego roku swoją umowę z Milanem.