Powrót do PSV 14 maja 2012 roku podpisał roczny kontrakt z PSV Eindhoven. Po rozczarowującym dla PSV sezonie, w którym drużyna w Eredivisie zajęła drugie miejsce, natomiast w finale KNVB Beker przegrała z AZ Alkmaar, zawodnik ogłosił koniec piłkarskiej kariery. W telewizyjnym wywiadzie po swoim ostatnim meczu z FC Twente, van Bommel zapowiedział, że najprawdopodobniej zostanie trenerem, a swoją decyzję o zakończeniu kariery, podyktował chęcią rozwoju młodszych graczy oraz z powodu chęci do wyleczenia swojego lewego kolana. 36-latek w 35 występach w tym sezonie uzyskał osiem bramek oraz cztery asysty.
Kariera w reprezentacji W reprezentacji Holandii debiutował 7 października 2000 w meczu z reprezentacją Cypru, zakończony zwycięstwem 4:0. Porażkami w jego reprezentacyjnej karierze było niezakwalifikowanie się na Mistrzostwa Świata 2002 oraz pominięcie go w kadrze na Mistrzostwa Europy 2004. W reprezentacji rozegrał do tej pory 73 mecze i zdobył 10 bramek. Po Mistrzostwach Europy w Piłce Nożnej 2012 zakończył karierę w reprezentacji.