W ostatnim sezonie w barwach PSV miał duży udział w zdobyciu przez drużynę kolejnego tytułu Mistrza Holandii oraz w dojściu do półfinału Ligi Mistrzów. Spodziewano się, że van Bommel zimą przejdzie do drużyny Borussii Dortmund, gdzie trenerem jest Bert van Marwijk, jego teść, ale piłkarz postanowił pozostać w zespole PSV do końca sezonu 2004/2005. Bilans występów van Bommela w PSV jest następujący: w ciągu sześciu sezonów zdobył cztery tytuły mistrzowskie, Puchar Holandii oraz trzy Superpuchary.
FC Barcelona Piłkarz nie przedłużył kontraktu z klubem i na mocy prawa Bosmana mógł za darmo zmienić klub. Po przegranym półfinale Ligi Mistrzów z A.C. Milan spekulowano o kierunku hiszpańskim wybranym przez zawodnika. Wśród zespołów zainteresowanych piłkarzem znalazły się potęgi hiszpańskiej piłki, Real Madryt (wciąż poszukiwano następcę Claude’a Makélélé na pozycji defensywnego pomocnika) oraz FC Barcelona. Ostatecznie piłkarz podjął decyzję o podpisaniu kontraktu z tym drugim klubem. Pierwszą bramkę w Barcelonie strzelił w spotkaniu z Realem Betis na Camp Nou 24 września 2005. Mecz zakończył się zwycięstwem gospodarzy 4:1.