Jeszcze w listopadzie 1946 roku zaczęto rozpracowywać kierownictwo Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych (ZKCh). Założono sprawę agenturalnego rozpracowania pod kryptonimem „Fanatyk”. W kwietniu 1947 roku na działaczy KChWE założono sprawę pod kryptonimem „Opieka”. Lokalne urzędy BP zakładały sprawy przeciwko działaczom ewangelikalnym w rozmaitych częściach kraju.
Po pokazowym procesie bułgarskim z 1949 roku, w którym skazano 15 pastorów, Wydział V Departamentu V MBP postanowił aresztować czołowych działaczy ZKCh i ZKE. Przygotowano „Plan częściowej likwidacji sekt” który zakładał, że 16 marca o godzinie 21:00 nastąpią aresztowania 18 działaczy, 28 działaczy zamierzano przesłuchać i przeprowadzić rewizje u wszystkich 44 osób. Akcja miała objąć w sumie 10 województw i miasto stołeczne Warszawę. Nie doszła jednak do skutku, ale natychmiast przystąpiono do systematycznego rozpracowywania „sekt”. 28 maja 1949 roku UBP Warszawa założył sprawę agenturalnego rozpracowania pod kryptonimem „Inżynier” na kierownictwo ZKE. 7 czerwca Departament V MBP sporządził „Informację” dotyczącą ZKCh i ZKE. Uznano, że Kościoły te „stanowią bazę wpływów imperializmu amerykańskiego i służą za kanał wywiadu amerykańskiego”. „Sekty” należy zlikwidować „celem zwężenia bazy wpływów USA i działania sieci obcych wywiadów”.