Odtąd Departament V MBP przygotowywał się do przeprowadzenia akcji likwidacyjnej.
Aresztowanie i zarzuty
mały|Część aresztowanych trafiła do aresztu śledczego w Mokotowie. W nocy z 19 na 20 września 1950 roku przywódcy Kościoła zostali aresztowani przez organy MBP, zamknięto również wszystkie obiekty sakralne należące do Kościoła. Aresztowano 199 osób z Kościołów typu ewangeliczno-baptystycznego (tj. ZKE, KChWE i ZKCh) – nie tylko duchownych, ale także szczególnie aktywnych wiernychWojciech Sławiński twierdzi, że ta liczba jest najprawdopodobniej zaniżona, ponieważ w Dorposzu Chełmińskim aresztowano 9 osób, a przesłuchano 18 osób ze zboru liczącego 31 członków. Aresztowano nawet listonosza, który w ramach wykonywania swej pracy dostarczał pastorowi nadsyłane pocztą broszury. (W. Sławiński, (2012). Cele, taktyka i działania wobec chrześcijańskich mniejszości wyznaniowych w latach 1945–1956 w Polsce. [w:] J. Kłaczkow & W. Rozynkowski (Red.), Kościoły chrześcijańskie w systemach totalitarnych. Toruń, s. 174-175). Ponadto zatrzymano do przesłuchania około 200 osób, przeprowadzono około 600 rewizji. Najwięcej osób aresztowano w województwie katowickim (41 osób), a najwięcej rewizji dokonano w województwie bydgoskim (64 rewizji). Zarekwirowano kaplice, literaturę, śpiewniki i wyposażenie zborów.