Sezon 4: W 40 odcinku idzie razem z Arturem na Wyspę Błogosławionych w celu naprawienia zasłony między światem żywych i umarłych, ale zostaje ciężko ranny po spotkaniu z Doroka (duchem zmarłych). W 41 odcinku Lancelot zabiera go do Gajusza, ale w drodze do Camelotu zostaje uzdrowiony przez duchy strumienia. Po wyzdrowieniu razem z Lancelotem dogania Artura w drodze na Wyspę i chce oddać życie zamiast Artura (do naprawy zasłony trzeba oddania życia), ale uprzedza go Lancelot. W 42 odcinku chce uzdrowić umierającego Uthera magią, będąc pod postacią starca, aby udowodnić Arturowi, że magia może służyć dobru, jednak nie udaje się mu to, gdyż Morgana nałożyła na króla koralik odbijający zaklęcia Merlina i król umiera. W 43 odcinku Merlin zdobywa jajo smoka i doprowadza do wylęgnięcia się białego smoka nadając mu imię Aithusa. W 44 odcinku za pomocą magii pomaga Arturowi wygrać pojedynek sam na sam, który decyduje o losach wojny. W 45 odcinku Merlin zostaje ranny, a następnie porwany przez Morganę, która wszczepia mu pod skórę fomorro, przez co Merlin musi wypełniać rozkazy czarownicy. Morgana odsyła Merlina do Camelotu z misją zabicia Artura, ale ten tego nie robi, gdyż Gajusz odkrywa podstęp i usypia stwora.