Następnie Merlin udaje się do chaty Morgany pod postacią starca i po walce z czarownicą niszczy potwora matkę i uwalnia się spod władzy Morgany. W 46 odcinku szuka porwanego Gajusza. W tymże odcinku upewnia się, że Agravaine jest po stronie Morgany. W 47 odcinku on i Gwen jako jedyni nie są pod władzą Lamii, która zniewala umysły rycerzy, a Merlin próbuje uświadomić ich, że Lamia jest zła. W 50 odcinku nie może się pogodzić z tym, że Artur chce ożenić się z Mithian. W tymże odcinku spotyka Gwen, która przekazuje mu informację o planach Morgany dotyczących ataku na Camelot. W 51 odcinku ucieka z Arturem z zamku po zdobyciu Camelotu przez Morganę. Następnie razem z nim podróżuje z przemytnikami – Tristanem i Izoldą do Ealdoru, gdzie zatrzymują się. W następnym odcinku Agravaine atakuje wioskę zmuszając Merlina i Artura do ucieczki przez podziemia. Tam Merlin po odłączeniu się od grupy zabija w samoobronie Agravaine'a, który przed śmiercią dowiaduje się o mocy Merlina i uświadamia sobie, że to on jest Emrysem. Później Merlin namawia Artura do wyjęcia Excalibura ze skały, aby przywrócić mu wiarę w siebie. Następnie w nocy pod postacią starca zakrada się do komnaty Morgany w Camelocie i podkłada jej magiczną laleczkę, która odbiera jej moc.