Regiony DNA nie pełniące żadnej funkcji nie będą miały w związku z tym żadnych ograniczeń funkcjonalnych, wobec czego tempo mutacji neutralnych będzie w tych rejonach większe.
Teoria neutralna mutacji molekularnych określa także tempo utrwalania się nowych alleli w populacjach. W populacji o efektywnej liczebności będzie kopii danego genu, bo każdy organizm posiada w swym materiale genetycznym diploidalną ilość kopii. W każdej z tych kopii może zajść mutacja, wobec czego częstość mutacji wynosić będzie:
Szansę na utrwalenie się danej mutacji określa teoria dryfu genetycznego. Prawdopodobieństwo to równe jest częstości allelu noszącego daną mutację. Skoro jest to nowa mutacja, to w populacji występuje tylko jedna jej kopia. Jej częstość i szukane prawdopodobieństwo wynoszą w takim razie:
Wobec tego liczbę mutacji utrwalających się w danym pokoleniu obliczyć można, mnożąc liczbę powstających mutacji przez szansę ich utrwalenia się. Na wzorach matematycznych operacja ta ma postać: