Wyliczona wielkość obrazować może jednak tempo mutacji efektywnie neutralnych. Efektywna neutralność polega na tym, że allel zachowuje się, jakby noszona przezeń mutacja była neutralna, to znaczy decydujący wpływ odgrywa nań dryf, a nie dobór naturalny. Mutacja taka może w rzeczywistości nieznacznie osłabiać bądź poprawiać funkcjonowanie genu, ale wpływ ten można zaniedbać względem wpływu dryfu genetycznego. Przybliżenie takie zachodzi zwłaszcza w niewielkich populacjach, w których działanie dryfu genetycznego wyraża się silniej.
Wracając do ograniczeń funkcjonalnych, będą one ściśle związane z tempem mutacji neutralnych. W sytuacji niewielkich ograniczeń funkcjonalnych tempo mutacji neutralnych będzie duże, natomiast znaczne ograniczenia funkcjonalne będzie redukowały to tempo, mianowicie wartość będzie znacznie mniejsza od Ogólnie w regionach kodujących najwyższego tempa mutacji neutralnych oczekiwać można w trzecich pozycjach kodonów, drugie pozycje zaś będą cechować się najniższym tempem mutacji neutralnych, jako że są w najmniejszym stopniu zdegenerowane.