U organizmów eukariotycznych nawet zaś obszary kodujące poprzerywane są niekodującymi (intronami). Ponadto nawet jeśli zmiany w materiale genetycznym spowodują zmianę w łańcuchu reszt aminoacylowych białka, to taka modyfikacja nie musi przekładać się na zmianę jego właściwości. Większość zmian w budowie białek nie ma dużego wpływu na funkcjonowanie organizmu.
Niekiedy jednak zamiana w większości reszt aminokwasowych łańcucha polipeptydowego będzie skutkowała zmianą funkcji, polegającą na przykład na zmianie kształtu białka bądź zmianie jego powinowactwa do innych cząsteczek, to znaczy w większości miejsc nie będzie mogła zajść mutacja neutralna. Sytuację taką określa się występowaniem wielu ograniczeń funkcjonalnych w danym locus.
Tempo mutacji dla danego genu na gametę na pokolenie oznacza się Część z tych mutacji będą stanowić mutacje neutralne, część szkodliwe, niewielką część – korzystne. Ułamek odpowiadający mutacjom neutralnym oznacza się przez W efekcie tempo mutacji neutralnych, oznaczane dane jest wzorem: