Co więcej, na poziomie molekularnym jedne allele cały czas zastępowane są innymi. Co jakiś czas w danym allelu pojawia się mutacja. Często eliminuje ją dryf genetyczny, niekiedy już w pierwszym pokoleniu, niekiedy jednak zostaje utrwalona. Cały czas jednak pojawiają się nowe mutacje. Po jakimś czasie jednej z nich udaje się utrwalić i wyprzeć poprzedni allel. Po pewnym czasie cała sytuacja się powtarza. Czas ten zależy głównie od liczebności populacji – w większych populacjach musi minąć więcej czasu, nim dany allel się utrwali. Ma to pewne przełożenie na pracę biologów. Mianowicie stałe tempo zastępowania alleli pozwala zastosować do oceny czasu rozejścia się linii ewolucyjnych metodę zegara molekularnego.
thumb|Tempo mutacji neutralnych różni się pomiędzy pierwszą (po lewej), drugą (na górze) i trzecią (po prawej) pozycją w kodonie z uwagi na degenerację kodu genetycznego Pozostaje pytanie, jak to możliwe, by zmiany molekularne zachodziły bez echa zmian w morfologii czy fizjologii. Otóż wiele zmian w DNA po prostu nie ma żadnego przełożenia na zmiany w łańcuchu białkowym. Kod genetyczny jest zdegenerowany, najsilniej w trzeciej zasadzie trypletu. Co więcej, tylko mała część materiału genetycznego spełnia jakąkolwiek funkcję, a jeszcze mniejsza koduje białka.