Choć nie ulega wątpliwości, że część zmienności wynika z dryfu, część z doboru, spór o przewagę jednego z tych dwu mechanizmów nad drugim pozostaje.
Założenia i wnioski Dane molekularne niezgodne z wcześniejszymi poglądami można wytłumaczyć przy pewnym założeniu. Otóż wcześniej uznawano, że większość mutacji jest niekorzystnych, są one szybko eliminowane przez dobór, ale zdarzają się korzystne, które się utrwalają. Zdanie na temat rzadkości mutacji korzystnych jest faktem, również mutacje niekorzystne zdarzają się często. Jednak wedle teorii neutralnej większość mutacji jest neutralna, ani korzystna, ani niekorzystna. Większość mutacji nie wpływa więc w ogóle na dostosowanie organizmu. Tak więc większość zmienności wykrywanej na poziomie molekularnym na przykład za pomocą elektroforezy czy sekwencjonowania DNA nie wpływa na zdolności adaptacyjne organizmu, w przeciwieństwie do cech behawioralnych, morfologicznych czy fizjologicznych, które podlegają głównie doborowi naturalnemu. Cechy te również mają swoje odbicie w cechach molekularnych, ale odpowiadające i zmiany molekularne stanowią tylko nieznaczną część całkowitej zmienności molekularnej (które w znakomitej większości takie zmiany nie odpowiadają).