jego ucieczka rozwścieczyła papieża, który wysłał w pościg za nim oddział gwardii papieskiej. w tym samym czasie Lukrecja została nagrodzona gubernatorstwem miast Spoleto i Foligno, co było swego rodzaju wynagrodzeniem od papieża za rozłąkę i (jak się spodziewał Aleksander VI) rychłe wdowieństwo. Dzięki listom jakie Alfons wysyłał do swojej żony ujawniono, że ma się zamiar spotkać z nią w Genazzano. Rozkazano Lukrecji by odszukała męża i powrócił z nim do Rzymu; małżonkowie spotkali się w miasteczku Nepi. Wrócili do Watykanu we wrześniu 1499 roku. W nocy z 31 października na 1 listopada Lukrecja wydała na świat syna, którego na cześć dziadka nazwano Rodrigiem. Jako znak dobrej woli papież nadał Alfonsowi księstwo Forli i ImoliR. Gervaso: Borgiowie str. 146
Morderstwo
left|thumb|300px|Lukrecja jako Madonna (po lewej) z małym Rodrigiem jako Jezusem (na jej rękach) i Alfonsem jako Józefem (po prawej). Około 1500 roku Wieczorem 15 lipca 1500 roku na szczycie schodów przed głównym wejściem do bazyliki św. Piotra Alfons został zaatakowany przez wynajętych morderców, którzy dźgnęli go w głowę, prawe ramię i nogę. Kiedy mordercy próbowali zabrać ze sobą ciężko rannego Alfonsa, jego własna straż zauważyła to i wdała się z nimi w walkę.