Według niemieckiego historyka Gregoroviusa: "młodzieńczy Alfons był piękny i miły dla oka" i "najprzystojniejszym młodym mężczyzną jakiego kiedykolwiek widziano w cesarskim mieście"F. Gregoorvius: Lucrezia Borgia str 217 i nast.. Według wszelkich przekazów Lukrecja była szaleńczo w nim zakochana i kiedy w lutym 1499 poroniła swoje pierwsze dziecko, wkrótce znowu zaszła w ciążę.
Jednakże sytuacja polityczna się zmieniła i papież Aleksander VI poszukiwał sojuszu z królem Francji (wrogiem rodziny Alfonsa ponieważ od czasu Karola VIII francuscy królowie pretendowali do korony Neapolu). Działania te zaowocowały małżeństwem pomiędzy Cezarem Borgią a francuską księżniczką Charlottą d'Albret, siostrą króla Nawarry Jana III. Alfons wyczuł szykującą się zdradę kiedy przypadkiem usłyszał o planach inwazji francuskiej na królestwo Neapolu i uprzedzając zamach uciekł 2 sierpnia 1499 z Rzymu bez żony, która była już w szóstym miesiącu ciąży;