Więzienie thumb|left|200px|Eleonora Krystyna w słynnym naszyjniku z pereł Eleonora Krystyna została zamknięta w małej celi z jednym wąskim okienkiem, brana w krzyżowy ogień pytań przez dworskich urzędników i zastraszana. Mimo to nie zgodziła się wyjawić tajemnic męża. Ostatecznie jednak zgodziła się na oddanie wszystkich ich posiadłości, klejnotów i pałaców w zamian za uwolnienie męża. Została jednak oszukana – wydano wyrok egzekucji Ulfelda i wygnania ich dzieci. Już nigdy więcej nie zobaczyła męża, do śmierci wierząc, że żyje gdzieś na prowincji z ich dziećmi.
Przez następne dwadzieścia dwa lata była przetrzymywana w niesławnej Białej Wieży kopenhaskiego zamku. Żyła w niegodnych i upokarzających warunkach niegodnych córki króla, pozbawiona wszystkich wygód. Przez cały czas swojego więzienia okazywała niezwykłą godność i stoicyzm, pisała swoje słynne Pamiętniki opisując w nich chłód ścian, ból i to jak z głodu zjadała zostawiane jej na noc świece. Używała dawanego jej cukru do suszenia pisanych sowim piórem kart.