W 1699 roku, za rządów Wielkiego Mistrza Ramona Perellos y Roccaful, apsyda kościoła została powiększona. W 1716, Wielki Mistrz Perellos zlecił maltańskiemu artyście Alessio Erardi namalowanie na sklepieniu kościoła scen z życia Najświętszej Dziewicy; praca ta została ukończona w ciągu dwóch lat. W 1752, fasada, zakrystia, dzwonnica i dom proboszcza zostały rozbudowane. Fasada otrzymała wspaniały barokowy wygląd. Nad szczytowym oknem umieszczone jest, wykonane z brązu, popiersie papieża Innocentego XII. W drugiej połowie XVIII wieku, oprócz istniejących ołtarzy św. Jana Chrzciciela oraz św. Pawła, zostały zbudowane dwa inne ołtarze.
W 1837, kościół został mianowany kościołem garnizonowym dla Royal Malta Fencibles (później Royal Malta Artillery) i był używany przez wielu katolickich żołnierzy stacjonujących na wyspie. Przez lata kościół doświadczył wielu szkód, zarówno w strukturze budynku, jak i w polichromii. 7 kwietnia 1942 sufit kościoła został uszkodzony (szczęśliwie, dach kościoła nie runął) w konsekwencji nalotu Luftwaffe, który zniszczył pobliski budynek Opery Królewskiej.
W roku 2000, National Trust of Malta, Din l-Art Ħelwa, rozpoczął projekt renowacji kościoła. 8 września 2011, Din l-Art Ħelwa został ustanowiony przez rząd Malty opiekunem budynku kościoła.