Prace renowacyjne trwają. thumb|200px|left|Wnętrze kościoła
Kościół Projekt oryginalnego budynku przypisywany jest maltańskiemu inżynierowi i architektowi Gerolamo Cassar, który zaprojektował większość najważniejszych pierwszych budynków w Valletcie. Oryginalny 16-wieczny kościół był prawdopodobnie surowy w wyglądzie, o sklepieniu kolebkowym. Posiadał trzy ołtarze, dwa boczne poświęcone były św. Janowi Chrzcicielowi, patronowi Zakonu oraz św. Pawłowi, głównemu patronowi Malty.
W 1699 budynek kościoła został powiększony do wielkości współczesnej, otrzymując dodatkowo apsydę i trzy ołtarze. Projekt powiększonego kościoła przypisuje się Lorenzo Gafà, maltańskiemu architektowi epoki baroku. W tymże również czasie, pod szczytem fasady kościoła, umieszczone zostało popiersie papieża Innocentego XII, który w latach 1646-1649 był Inkwizytorem na Malcie. Popiersie przypisywane jest słynnemu rzymskiemu rzeźbiarzowi epoki baroku Giuseppe Mazzuoli. Rzeźba będąca współcześnie na fasadzie jest repliką oryginału, który przechowywany jest w Muzeum Sztuk Pięknych w Valletcie.