W przypadku jego braku, miał być zarządzany przez władze Zakonu.
22 sierpnia 1568 roku Wielki Mistrz de Valette zmarł. Zgodnie z jego ostatnią wolą, został pochowany w krypcie kościoła. Był pierwszą osobą pochowaną w mieście, które założył. Jednak, kiedy konkatedra św. Jana Chrzciciela została zbudowana, szczątki Wielkiego Mistrza de Valette zostały tam przeniesione.
Kiedy 18 marca 1571 roku Zakon oficjalnie przeniósł swoją siedzibę z Birgu do Valletty, kościół Matki Bożej Zwycięskiej został kościołem zakonnym, aż do 1577 roku, kiedy budowa konkatedry św. Jana została ukończona. 16 lipca 1617 roku kościół został mianowany kościołem parafialnym Zakonu św. Jana, zastępując kościół św. Antoniego Opata w Birgu. Przejął również rolę kościoła św. Antoniego w tradycyjnym błogosławieniu (święceniu) zwierząt, mającym miejsce 17 stycznia – w święto św. Antoniego. Zwierzęta, na czele z końmi ze stajni Wielkiego Mistrza, były gromadzone przed kościołem, gdzie były błogosławione przez kapłana.