Niezwłocznie po odzyskaniu księstwa Emanuel Filibert wznowił represje przeciwko waldensom i zorganizował ekspedycję zbrojną przeciwko ich siedzibom w Alpach. Pacyfikacja skupisk waldensów w dolinach przebiegła sprawnie, jednak większość waldensów umknęła pogromowi i schroniła się w górach, w trudno dostępnych rejonach. Wobec ostatecznego niepowodzenia tej operacji, książę zdecydował się na zawarcie ugody z waldensami. Podpisana 5 czerwca 1561 ugoda z Cavour zagwarantowała waldensom swobodę sumienia i wolność kultu w kilku górskich okręgach, jednak z zakazem osiedlania się w dolinach. Papież Pius IV skrytykował tę ugodę, ale musiał uznać fakt dokonanyBlack, s. 30; Del Col, s. 409-411; Canosa, s. 23-29..
Skąpo zachowana dokumentacja wskazuje, że po 1560 główną rolę w zwalczaniu herezji w domenach książąt sabaudzkich odgrywały sądy biskupie oraz nuncjusz apostolski w Turynie, szczególnie w okresie, gdy funkcję tę pełnił biskup Mondovì Vincenzo Lauro (1568–1573 i 1580–1585), natomiast inkwizytorzy dominikańscy odgrywali rolę drugorzędną i pomocniczą. Również władze księstwa przeciwne były wzmacnianiu pozycji inkwizytorów. Spora część księstwa wyłączona była spod jurysdykcji inkwizytorów; Black, s. 30;