Później w 2003 roku skrócona, ponownie zmontowana wersja filmu została odtworzona podczas Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w Toronto (jednak kontrowersyjna scena stosunku pozostała). Nowa wersja była przez niektórych wyżej oceniania, nawet Ebert, który nowej odsłonie obrazu dał trzy gwiazdki z możliwych czterech. W jednym z odcinków telewizyjnego show Ebert & Roeper z sierpnia 2004 roku, nowa wersja filmu otrzymała od Eberta „uniesiony kciuk” (thumbs up). W kolumnie opublikowanej w tym czasie, Ebert stwierdził, że on i Gallo zawarli pokój.
Mimo to, Brązowy królik nadal otrzymywał od pozostałych krytyków mieszane recenzje, a jego ocena na Rotten Tomatoes to 43% (w oparciu o 90 recenzji ze średnim wynikiem 5,1 z 10). Według konsensusu na tej stronie obraz określono „bardziej nudnym niż hipnotycznym, Brązowy królik jest pretensjonalnym i dogadzającym sobie nudziarzem”. Metacritic natomiast dał filmowi ocenę 51/100, opartą na 30 recenzjach krytyków.