Na początku 1557 inkwizytorem Wenecji został Felice Peretti de Montalto (późniejszy papież Sykstus V). Nie zyskał on przychylności władz weneckich, którym nie podobały się jego starania o objęcie miejscowych drukarni ścisłym i rygorystycznym nadzorem cenzorskim. Jego nominacja była kontestowana także przez współbraci zakonnych, gdyż nie pochodził on z ich prowincji, lecz z Marchii Ankońskiej w Państwie Kościelnym. Spory na tym tle trwały ponad trzy lata i zakończyły się ostatecznie odwołaniem Perettiego ze stanowiska i przekazaniem przez papieża Piusa IV urzędu weneckiego inkwizytora w ręce dominikanów (1560)Del Col, s. 367-372; Black, s. 35..
Decyzja z 1560 zamyka okres formowania się nowoczesnego trybunału inkwizycji w Wenecji. Od tego momentu trybunał ten, pod przewodnictwem nuncjusza i dominikańskiego inkwizytora, prowadził systematyczne represje wobec podejrzanych o sprzyjanie reformacji w pełnej kooperacji z władzami świeckimi. Zachowana dokumentacja wskazuje, że mimo trudnych nieraz relacji między Stolicą Apostolską a władzami Republiki, współpraca między nimi w zakresie zwalczania odstępstw religijnych przebiegała bez większych zakłóceń, czego przykładem może być proces Giordano Bruno, rozpoczęty w 1592 w Wenecji, a zakończony w Rzymie osiem lat później egzekucją oskarżonego o herezję filozofa.