W samej Wenecji ostatnie wyroki śmierci wobec domniemanych luteranów wykonano w latach 80. XVI wiekuBlack, s. 35-36; Del Col, s. 372, 422-423, 436-438, 446-448, 545-548..
W pierwszej połowie XVIII wieku w Wenecji wykonano kilka egzekucji osób oskarżonych o sprawowanie mszy bez święceń kapłańskich. Jednakże w drugiej połowie stulecia aktywność inkwizycji niemal całkowicie zamarła. Ostatnie wzmianki o postępowaniach sądowych pochodzą z roku 1794. Trzy lata później Republika Wenecka przestała istnieć w wyniku inwazji rewolucyjnej Francji i podzielona między Austrię a nowo utworzoną Republikę Cisalpińską. Rewolucyjne władze zniosły trybunał inkwizycji prawdopodobnie w maju 1797, choć nie zachował się żaden formalnie wydany akt prawnyDel Col, s. 628, 735; Black, s. 31, 55.; Veronese, s. 214-235, 335-337..
Organizacja
W trybunale zasiadało teoretycznie aż sześciu sędziów, w tym trzech duchownych (nuncjusz lub jego audytor, inkwizytor i patriarcha lub wikariusz patriarchalny) oraz trzech świeckich „mędrców”, w praktyce jednak z reguły w posiedzeniach uczestniczył tylko jeden z trzech mędrców, co dawało przewagę duchowieństwu. Siedzibą inkwizytora był dominikański konwent S. Domenico di Castello.