22 kwietnia 1547 ogłoszono odnowienie urzędu „mędrców do spraw herezji”, którzy odtąd mieli wchodzić w skład trybunału inkwizycyjnego z udziałem franciszkańskiego inkwizytora, nuncjusza apostolskiego i patriarchy weneckiego (lub ich przedstawicieli). Inkwizytor i nuncjusz apostolski uzyskali jurysdykcję nad całym terytorium RepublikiDel Col, s. 289-291, 342-347; Black, s. 31-33..
Pierwszym inkwizytorem działającym na podstawie nowych regulacji był Marino da Venezia, który już w 1544 został mianowany inkwizytorem Wenecji. Miał on opinię bardzo łagodnego inkwizytora, co spowodowało, że wkrótce sam stał obiektem podejrzeń o sprzyjanie herezji. W 1550 został zastąpiony innym franciszkaninem (Nicola da Venezia), a rok później wszczęto wobec niego śledztwo o herezję, które trwało 10 latBlack, s. 33-35..
W 1549 nuncjusz Della Casa w porozumieniu z władzami Republiki opublikował pierwszy katalog dzieł zakazanych. Sześć lat później jego następca Filippo Archinto opublikował nową wersję kataloguDel Col, s. 353-354, 364-366..