W styczniu 1996 roku w swój pierwszy lot wzbił się ATR 72 w wersji -500, a półtora roku później taki statek powietrzny zasilił flotę linii American Eagle Airlines.
W roku 2001 zmieniła się organizacja wewnętrzna firmy. 1 czerwca na bazie aktywów konsorcjum EADS i Alenia Aeronautica zostało powołane do życia wspólne, pod jedną nazwą, konsorcjum ATR. W 2002 roku, podczas salonu lotniczego w Farnborough producent zaprezentował samolot ATR-72 przystosowany do przewozu ładunków. Konstrukcja została wyposażona w duże drzwi ułatwiające załadunek towaru na pokład. W marcu 2003 roku samoloty ATR w wersji freighter trafiły do eksploatacji w towarzystwie lotniczym Northern Air Cargo. Obecnie na świecie eksploatowanych jest blisko 90 francusko-włoskich samolotów typu freighter, najwięcej lata w Europie. Pojemność załadunkowa ATR 42 wynosi 47 metrów sześciennych, ATR 72 do 64 metrów sześciennych. Udźwig ciężaru na pokładzie wynosi 6,5 i 8,5 tony. Wykorzystywana jest nowo powstała wersja QC (Quick Change), umożliwiająca szybką zmianę samolotu pasażerskiego na wersję towarową i odwrotnie jeżeli użytkownik musi dokonywać tego typu modyfikacji. Dynamiczny rozwój azjatyckiego rynku lotniczego umożliwił konsorcjum otwarcie jesienią 2003 roku biura w Pekinie.