Do 1939 naczelnikiem więzienia był podkomisarz SW Konstanty Tychmanowicz, który po wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939 zaginął podczas ewakuacji więzienia.
W trakcie okupacji niemieckiej placówka pełniła funkcję więzienia sądowego; było to tzw. Samodzielne Więzienie () w odróżnieniu od działającego w innych miejscowościach niemieckich zakładów karnych (). Wówczas obiekt więzienny stanowił osobny dwupiętrowy budynek położony z tyłu gmachu sądu oddzielony od niego dziedzińcem, zaś od strony południowej był umiejscowiony dziedziniec spacerowy a całość była otoczona murem. Od strony wschodniej był umiejscowiony budynek, połączony z gmachem sądu, mieszczący administrację więzienia, kuchnię, kaplicę oraz celę nr 33. W rogu dziedzińca spacerowego istniała wieżyczka wartownicza. W budynku więzienia kondygnację parterową zajmowały pomieszczenia przeznaczone dla strażników, magazyny broni i amunicji, sale przesłuchań, cela ciemnica i kaźń, pierwsze piętro w połowie stanowiły cele dla kobiet oraz cele dla więźniów kryminalnych, zaś drugie piętro cele dla więźniów tzw. politycznych, podlegających śledztwu gestapo i pozostających w gestii tej służby (cele nr 27–36).