Formalnie więzienie funkcjonowało od połowy października 1939, jednak zatrzymanych ewidencjonowano już od 30 września, zaś kilka osób nie wpisanych w rejestr po zatrzymaniu zostało rozstrzelanych na cmentarzu żydowskim w Sanoku 27 października. Funkcję komendanta więzienia pełnili Polak, podkomisarz Józef Grygo od października 1939 do września 1943 (według innego źródła Henryk Grigo), a następnie Adolf Endeward do końca okupacji niemieckiej w Sanoku trwającej do końca lipca 1944 (jego zastępcą był Grygo). Strażnikami i wartownikami byli Polacy i Ukraińcy. Więzienie niemieckie mieściło się wówczas pod adresem Hermann Göring Straße 5a. Jako strażnicy pracowali m.in. Mieczysław Chudzik, Piotr Dudycz, Nestor Kiszka (dwaj ostatni byli jednocześnie konspiratorami w ZWZ–AK, ps. „Cezar” i „Neron”).

W grupie pierwszych osób osadzonych w sanockim więzieniu byli tzw. „węgiernicy”, uciekinierzy z terenu okupowanej Polski, usiłujący przedostać się do polskich oddziałów we Francji, których aresztowano podczas próby nielegalnego przekroczenia granicy ze Słowacją lub Węgrami (zatrzymań tychże Polaków dokonywali funkcjonariusze niemieckich służb przy współpracy z osobami narodowości ukraińskiej).