Do tak szybkiej rejestracji w Polsce Ludowej przyczyniło się legalnie działanie od 1942 roku w warunkach okupacji hitlerowskiej na terenie Generalnego Gubernatorstwa. W skład Rady Kościoła wchodzili wówczas: przewodniczący Jan Kulak, sekretarz Józef Rosiecki oraz członkowie: Franciszek Stekla, Marian Kot, Jan Skrzypaczek, Włodzimierz Siemienowicz i Jan Górski. 12 sierpnia 1946 na siedzibę Kościoła zakupiono budynek w Krakowie przy ul. Lubelskiej 25. Od 28 sierpnia do 1 września 1946 w Krakowie zorganizowano pierwszy powojenny zjazd Kościoła, na którym potwierdzono zwierzchnictwo Jana Kulaka nad Radą Kościoła. W 1947 roku wznowiono działalność wydawniczą i reaktywowano seminarium duchowne w Krakowie. W 1949 roku seminarium przeniesiono do Bielska-Białej, a w 1959 roku do Podkowy Leśnej. W roku 1949 siedzibę Kościoła przeniesiono ponownie do Warszawy. Według Zachariasza Łyki lata 1944–1949 były okresem odbudowy Kościoła.