Początkowo władze PRL uważały istnienie KADS za niepożądane i prowadziły wobec tego Kościoła politykę likwidacyjną. Po roku 1956 adwentyści zostali wyłączeni z tego kierunku i objęci zostali polityką reglamentacyjną, jednak w międzyczasie UdSW i MSW uzyskało efekt pełnej zależności Kościoła od władz. W okresie powojennym pierwszy zwierzchnik Kościoła, Jan Kulak realizował wytyczne władz państwowych odpowiedzialnych za politykę wyznaniową. W latach 1953–1956 Franciszek Stekla zmuszony był do działalności w podziemiu. Był on popierany przez 80–85% wiernych. Kontrolowana przez władze Unia Zborów Adwentystów Dnia Siódmego nie reprezentowała więc środowiska adwentystycznego, a prawdziwe życie religijne toczyło się podczas nielegalnych nabożeństw przeprowadzanych w domach prywatnych. W czasach stalinowskich aresztowani zostali niektórzy działacze Kościoła (Andrzej Maszczak, Konrad Janyszka). Według Zachariasza Łyki lata 1949–1957 stanowiły niezwykle trudny okres w historii Kościoła, pełen zewnętrznych zagrożeń czasów stalinizmu oraz wewnątrzkościelnych przesileń które powodowały spory kompetencyjne i przemiany organizacyjne.
W 1961 roku na walnym zjeździe delegatów Kościoła przyjęto nazwę Kościół Adwentystów Dnia Siódmego.