Wiele zborów, które znalazły się w Rzeszy lub pod sowiecką okupacją zostało zlikwidowanych. Na początku 1941 roku odwiedził Polskę Adolf Minck, zwierzchnik Wolnego Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego w Niemczech, celem zorientowania się w sytuacji Kościoła adwentystycznego w Polsce. W rezultacie wizyty polski KADS został poddany pod zwierzchnictwo niemieckiego Kościoła adwentystycznego w Berlinie. Według oceny Zachariasza Łyki uchroniło to polski Kościół przed likwidacją. Na terenie Generalnego Gubernatorstwa Zjednoczenie Adwentystów Dnia Siódmego zostało zarejestrowane w 1942 roku na mocy obwieszczenia opublikowanego w Dzienniku Urzędowym dla GG 1942 Nr 79, s. 178.
Czasy PRL-u thumb|Część teczek sprawy obiektowej „Doba”, zachowanych w formie mikrofilmu. W kwietniu 1945 roku na konferencji w kaplicy zboru w Radomiu, zorganizowanej przez Mariana Kota, wybrano nowe kierownictwo Kościoła, z przewodniczącym Janem Kulakiem. Legalizacja Kościoła nastąpiła w 23 marca 1946 rokuI. Decyzją Ministra Administracji Publicznej z dnia 23 marca 1946 r. (Dz. Urz. Min. Adm. Publ. Nr 17 z dn. 21.10 1947) Kościół Adwentystów D.S. został uznany za publiczno-prawny związek religijny w Polsce. 2. Dekret z dnia 5 sierpnia 1949 r. „O ochronie wolności sumienia i wyznania”..